[Основной сюжетиГ]
События в [Naruto Shippunden Role Game], начинаются сразу после возвращения Наруто в Коноху. Жители деревень живут обычной жизнью шиноби, выполняя задания. Благодаря шпионам, все Кагэ деревень узнают об ужасной новости- Акацуки живы все до единого и готовят план по захвату Хвостатых, Орочимару собирается захватить Суну.

[Коноха/Селение Скрытого Листа/ Страна Огня]
В связи с новостью, жизнь шиноби Конохи не сильно меняется. По приказу Пятой ХоКагэ  множество из шиноби отправляются в Суну  и поступают на службу к КазеКаге, среди них Ино, Шикамару и Чоджи. Сакура и Наруто собираются вернуть Саске в деревню, ХоКаге не решается отправить их двоих в  Ото и просит у МизуКаге опытного ниндзя в помощь. Глава Кири соглашается и обещает прислать в Коноху одного из спец  джоннинов.  Для защиты Деревни Листа было решено открыть набор АНБУ и джоннинов.

[Суна/Селение Скрытого Песка/Страна Ветра]
После того как КазеКаге (Гаара) узнал о планах Акацуки он сразу же заключил мир с Конохой и  Кири. Тем временем, жители Суны обеспокоены происходящим, в особенности  Темари - сама, ведь Акацуки хотят забрать ее брата, а Орочимару - всю деревню.

[Кири/Селение Скрытого Тумана/Страна Воды]
Глава Кири заключил союз с Конохой и Суной. МизуКаге согласился оказать помощь Конохе и отправить туда опытного  джоннинина, на эту роль он выбрал странствующую  куноичи которая поселилась в Кири лет 5 назад, ее имя Шизуе Асаши. Девушке скоро сообщать о ее задании пока она как и вся деревня не подозревает о том что организация Красная Луна жива. В Кири ходит слух что начался поиск нового МизуКаге, кто им станет?

[Кумо/Селение Скрытого Облака/ Страна Молнии]
Глава Кумо наоборот совсем не собирается оказывать содействие Конохе и Суне.  Он решает принять сторону Орочимару что бы сохранить свою власть. Жители Селения не очень довольны этим.

[Ото/Селение Скытого Звука/Страна Рисовых Полей]
В Ото Орочимару строит планы по захвату Деревни Песка. Саннин уже знает что все селения готовятся к  его атакам. Саске уже не  хочет служить Орочимару и планирует от него уйти, но  в Коноху он возвращаться не собирается. Два члена Пятерки Звука это Таюя и Сакон отправляются разведать ситуацию в Конохе, остальные охранники Орочимару отправляются с этим же заданием в Суну. 
[Акацуки]
Акацуки живы все до единого и готовят план по захвату Шукаку и Девятихвостого.

P.S. Это основные правила сюжета - можете делать все что захотите, но  отталкиваясь от таких вот Сюжетных набросков.  Удачной игры.